發現鳳凰蛋的是一個名叫光榮會（Proud People）的反抗組織，其中的組織成員，湯姆‧斯凱勒克（Tom Skylark）與他的夥伴羅弗（Rover），一台進化出了自我感知能力的哨兵機器人奉命護送鳳凰蛋交予X戰警，他們遭到了野獸混合各種變種人基因而製造出的怪物移形怪（Crawlers）的攻擊，不過最終他們終於與X戰警E.V.A（白幽靈的外部神經系統，此時她已變成了擁有自我感知能力的獨立個體）匯合，他們一同回到了位於曼哈頓環山（Manhattan Crater）的學院，但移形怪躲在了羅弗的駕駛艙內混進了學院搶走了鳳凰蛋，面對著搶來的鳳凰蛋，野獸計畫著搞一波事情。
流浪在外的金剛狼回到了學院，他見到了三位一體布穀鳥和女校長，此時已是一名X戰警的卡珊卓‧諾瓦。
切回到150年前，獨眼龍佇立在琴的墳墓前沉思，愛瑪邀請他一起來重辦學學校並表示他們可以在一起，但獨眼龍拒絕了...