尼克‧福瑞和瑪莉亞‧希爾在墨西哥迎戰掀起風波的地球元素眾，兩人成功擊退元素眾，在神秘法師的協助下撤退。回到紐約，經過薩諾斯之亂，中城科技學校又開始了新的學年。學校給同學們安排了為期兩週的歐洲夏季考察之旅。沉浸在東尼‧史塔克去世的悲痛中，彼得‧帕克正好計畫藉著假期散心，和自己心愛的女同學蜜雪兒‧「MJ」‧瓊斯培養感情。在參加梅姨為流浪者舉行的募捐活動時，福瑞打來電話，被彼得拒接。回家時，彼得對東尼的死感到疑惑。最終，他在收拾行囊時，決定把蜘蛛人戰衣起來，輕裝前往歐洲。

在義大利威尼斯，彼得和同學們遭到了水人的襲擊，水城遭受破壞，彼得沒能擊退對方，但貝克前來增援，摧毀了怪物。福瑞破壞了彼得的假期，因此把東尼的眼鏡拿出來給他，希望他能繼任。這副眼鏡配備的人工智慧E.D.I.T.H.可以讀取史塔克工業的全部數據並依照命令發射武器。貝克表示，自己來自多重宇宙中的一個現實世界，元素眾不久前殺害了自己的家人。彼得拒絕了福瑞的請求，去找班上的同學，但福瑞猜測到火元素接下來會襲擊布拉格，於是偷偷把行程改到了那裡。火元素在狂歡節中出現，貝克和彼得聯手將其摧毀。福瑞、希爾、彼得、貝克到柏林商討組建新的超級英雄團體。彼得認為貝克才是繼任東尼的人選，把E.D.I.T.H.交給 他。

瓊斯知道彼得是蜘蛛人。她告訴彼悍有部投影儀展示了氣元素的圖像，原來這是貝克設的局。貝克帶著他的盟友襲擊了彼得和瓊斯，拿回投影儀。彼得趕到柏林和福瑞見面，突然發現眼前的福瑞其實是貝克創造的錯覺。彼得忙著與貝克激戰而一大批錯覺，最終被列車撞到。、身心疲憊的他在車廂中睡著，醒來時已經是在荷蘭的監獄中。彼得脫獄後聯繫了東尼生前的助手快樂‧霍根，快樂把彼得帶到倫敦，向他展示了東尼留下的戰衣製造機，彼得利用機器整了戰衣的風格。在倫敦，貝克想要殺掉知道自己是壞人的瓊斯，於是招來了氣元素。彼得擺脫錯覺，利用E.D.I.T.H.迎戰貝克，貝克被走火的槍擊中身亡。回到紐約，正式和瓊斯交往。

後來，《號角日報》的出版者J‧喬納‧詹姆森批評蜘蛛人引來了元素眾襲擊，廣播了貝克錄製的事故片段。這段經過修改的片中揭示出彼得的真實身份是蜘蛛人。原來，福瑞真身其實在遇上彼得後全程指揮史克魯爾人塔洛斯和索倫偽裝成自己和希爾協助彼得作戰。