數千年前，荒原狼和他的外星生物軍團天啟魔，妄圖利用三個母盒之統一力量來摧毀地球生態系統，再將其改造成為荒原狼家鄉的蒼夷景象。他的邪惡計畫最終被奧林匹斯十二眾神、亞馬遜人、亞特蘭提斯人、人類以及綠光軍團攜手合作奮戰而挫敗，荒原狼被迫撤離地球，三個分離的母盒分別被亞馬遜人、亞特蘭提斯人和人類回收保管，分開藏於地球各個隱秘角落好永不被人找到。於現代，全世界還沒走出超人之死的陰影，高譚市和大都會等城市的犯罪率急劇上升，景象不但造成三個母盒自行重啟，甚至讓荒原狼重新現身於地球，決定再次實施征服計畫好博得他的君主達克賽德。

荒原狼闖入天堂島並奪走亞馬遜人保管的母盒，迫使希波呂忒女王點燃聖火以警告生活在人類世界的女兒黛安娜‧普林斯。黛安娜加入布魯斯‧韋恩所提出過的超人類團隊後，布魯斯去尋找雷克斯‧路瑟筆記裡的其中兩人，亞特蘭提斯人亞瑟‧庫瑞和中央市大學犯罪司法學系學生貝瑞‧艾倫。當亞瑟拒絕參戰後，滿腔熱血的貝瑞一口答應加入布魯斯的陣營。黛安娜親自會面因爆炸身亡卻被父親改造成機械身軀的維克多‧史東，其拒絕參戰但同意幫他們追查荒原狼的地點。然而不久，天啟魔奉荒原狼命令抓走大都會星辰實驗室的所有科學家和員工，試圖拷問人類母盒的所在地，當中包括維克多的父親賽拉斯，其身為實驗室主任。高譚市警察局長詹姆斯‧高登通過蝙蝠信號召來蝙蝠俠和其他英雄，維克多也現身加入他們的行動。

蝙蝠俠率隊來到荒原狼可能藏身的高譚港地下的棄置水管設施裡，即使他們成功拯救所有被綁架的賽拉斯等員工們，但荒原狼走前還是破壞管道造成設施淹水。這時，亞瑟得知亞特蘭提斯的母盒也被荒原狼搶走，便加入戰局並拯救蝙蝠俠等人免受洪水波及。維克多緊急取回賽拉斯保管的第三母盒，眾人回蝙蝠洞對其分析，維克多講述他父親是靠母盒的再造引擎之技術才將他復活。由於無法匹敵強大的荒原狼軍團，布魯斯決定冒險利用母盒技術將超人復活，認為如此不但能抵禦荒原狼，還能讓人類重拾希望。黛安娜和亞瑟對此強烈反對，但布魯斯聲言他會預備好「應對措施」，以防止超人復活後變成邪惡之尊。貝瑞和維克多挖出克拉克‧肯特的遺體，帶回星辰實驗室所在的氪星偵察船內部的創始室，通過貝瑞神速力提供大量閃電能量，於母盒接觸水面一瞬間成功將超人復活。

超人復活不久因嚴重失憶，再加上維克多的機械身自動反制對他發動攻擊，使超人開始攻擊蝙蝠俠等眾人。險些集體被超人殺害的情況下，蝙蝠俠讓阿福帶來應對措施：露薏絲‧蓮恩，她的出現讓超人慢慢恢復記憶並將她帶回他長大的家鄉小鎮，並和養母瑪莎團聚。荒原狼趁機奪走第三母盒，帶領天啟魔大軍攻下俄羅斯北部村莊的一座荒廢核電站來統一母盒；得知超人可能不會現身，全體英雄抱著必死決心來到村莊對抗成群的天啟魔。蝙蝠俠駕駛蝙蝠車發出擴音警報聲來干擾並引走天啟魔時，其他人來到核電站對抗荒原狼，但還是沒能爭取到足夠時間來讓維克多分離母盒。

超人最終回歸併逼退荒原狼，得知附近村民受困後被迫和貝瑞聯手撤走他們。維克多成功將三個母盒分離，眾正義聯盟成功擊敗荒原狼，讓牠首次產生恐懼感，讓吸食恐懼為生的天啟魔集體攻擊荒原狼，直到牠們集體被爆破管道撤離出地球。母盒被回收並分別放回各自的地點，超人等英雄們經過這次行動也各自改善生活。守護世界的黛安娜開始和公眾打成一片，貝瑞受布魯斯推薦而勝任中央市警局鑑識科工作，維克多獲得自信而加入星辰實驗室，和他的父親探索及提升能力。亞瑟接受他的身世並繼續守護海洋，克拉克回歸大都會並繼續以《星球日報》記者身份並繼續守護世界。

後來，雷克斯‧路瑟透過替身成功從阿卡漢精神病院越獄，得知超人復活並建立正義聯盟一事後，召來精英傭兵史萊德‧威爾森來合作組建他的聯盟。