位於尼泊爾加德滿都的魔法聖殿「卡瑪泰姬」，邪惡魔法師卡西流斯帶領其狂徒份子，搶走一本封為禁忌的古文書當中的一頁。至尊魔法師「上古尊者」試圖阻止他，兩者在一個千變萬化的「鏡面空間」中互鬥，但卡西流斯仍帶領剩餘四名隨從逃之夭夭。在紐約，一名世界頂級的神經外科醫生史蒂芬‧史傳奇，遭遇一場嚴重車禍而使他最得意的雙手神經受損，徹底失去工作能力。眾外科醫生包括尼科蒂姆‧威斯特和他的前戀人兼同事克莉絲汀‧帕瑪試圖幫助他，但史傳奇堅信他能夠重新恢復兩隻手，為此用盡所有金錢進行多次實驗手術，最後卻只是徒勞無功。史傳奇面臨傾家蕩產時，他遇見一位傷殘人士—強納森‧潘伯恩，本應全身癱瘓卻奇蹟般地重新行走，他提示史傳奇前往卡瑪泰姬尋找答案。

史傳奇用僅存的現金搭飛機來到加德滿都，找尋目的地時遭遇搶劫，但被一名魔法師莫度相救。莫度帶領史傳奇走進卡瑪泰姬會見上古尊者，當上古尊者為他介紹所信仰的魔法時，史傳奇認為這是無稽之談。上古尊者便對他展現出魔法力量，揭示星界平面和其他維度、包括鏡面空間，對此感到難以置信的史傳奇乞求她教導自己魔法。但上古尊者在史傳奇的傲慢心態中，感覺他和叛逃的學徒卡西流斯異常相似，不想重蹈覆轍而將他趕出去。無處可去的史傳奇不想放棄恢復雙手的唯一機會，坐在門口苦等一夜，莫度看上他的執著而勸說上古尊者暫時接納他。

史傳奇在上古尊者和莫度的監護下開始嚴格魔法訓練，由於糾結於他的手無法施展好魔法，上古尊者於是將他困在珠穆朗恩瑪峰上，最後讓他突破自己而創造出魔法傳送門而穿越回來。史傳奇藉圖書館看守人王拿來給他參考的古文書，迅速學習各個魔法招式。學習途中，史傳奇瞭解到地球被一個強大咒語所保護，以避免遭受其他維度入侵；而咒語由世界三處至聖所所組成，分別位於紐約、倫敦和香港，而魔法師的使命是守護各個至聖所免受攻擊。史傳奇隨著法術步步高陞之下，打算探討上古尊者在禁忌古文書中隱藏的秘密，於是透過能夠扭曲時間的神器阿迦莫多之眼，用時間倒轉形式恢復並閱讀卡西流斯搶走的書頁。莫度和王跑過來警告他說扭曲時間將違反自然法則，講述卡西流斯曾經因失去摯愛而跑到上古尊者面前求學，但他自從閱讀過書中知識後開始步入黑暗，認為人類皆有權利永生。

卡西流斯和隨從們透過奪來的書頁召喚出黑暗次元的主宰「多瑪暮」，被多瑪暮提供力量下開始遵從牠的命令，摧毀倫敦至聖所時意外將史傳奇送到紐約至聖所。史傳奇無法匹敵卡西流斯，而擺在展示櫃裡的紅色懸浮斗篷選中史傳奇為主人，其指導他打敗兩名狂徒後抓獲卡西流斯。動彈不得的卡西流斯揭露上古尊者的法力和永生之道，其實都是藉助多瑪暮的黑暗次元力量。這時，狂徒盧西恩穿越回來刺傷史傳奇，史傳奇只好用傳送門回到她原來工作的醫院找克莉絲汀療傷，在此期間釋放出力量才殺死盧西恩。史傳奇剛回聖殿就遇見上古尊者和莫度，但脫離束縛的卡西流斯卻準備摧毀紐約至聖所，兩方於是在鏡空間中的紐約市進行一番鬥爭。上古尊者展現的實力和她頭上出現的黑暗印記證實卡西流斯的說詞，而卡西流斯最終重創上古尊者，使她掉回現實後摔至地面。

史傳奇火速將她送醫搶救，但上古尊者卻突然靈魂出竅打算接受死亡，對跟隨她一同出竅的史傳奇坦白一切後，奉勸他有時候要打破規則辦事，並希望他能藉此平衡莫度的耿直天性。上古尊者傷重去世後，史傳奇大受感悟下決定不讓她白白犧牲，於是火速和莫度前往香港。這時，卡西流斯摧毀香港至聖所後，黑暗次元開始入侵城市、摧毀一切，史傳奇只好用阿迦莫多之眼倒轉時間使一切返回原點。由於只是緩兵之計，卡西流斯的一句「超越時間」使史傳奇靈機一動，他於是飛進黑暗次元中創造一個無限時間循環，把他跟多瑪暮困在循環裡。無論多瑪暮殺死史傳奇多少次，他還是會隨著輪迴一次又一次回到牠面前，忍無可忍的多瑪暮只好答應史傳奇的要求撤出地球並帶走其追隨者。於是，卡西流斯和其隨從們直接被多瑪暮吸走，隨著次元一同消失無蹤。

戰爭結束後，周圍的居民因為時間倒流而平安無事，史傳奇和王開始收拾聖殿的殘局，但莫度因為對上古尊者和史傳奇忽視自然法則而大受打擊，最後選擇離眾人而去。史傳奇將阿迦莫多之眼放到卡瑪泰姬中的原位，王說此裝有無限寶石的儀器不宜到處使用，並告知上古尊者法師的死訊將會傳遍整個多元宇宙，必須做好保衛地球的準備。經過此事，史傳奇打消他想治療雙手的初衷，選擇繼承上古尊者的至尊魔法師位子而繼續守護世界。後來，史傳奇會見回歸地球的雷神索爾，索爾希望他能協尋現已失蹤的父親奧丁，並保證找到後就會迅速返鄉；史傳奇便立即答應協助他。另一方面，莫度找到長時間藏身在紐約的潘伯恩，強行奪走使他能行走的魔法能量，對他聲言「這裡太多魔法師了。」